רופאי הס"ס (ומנגלה כסמלם) שימשו, כידוע, בתפקידי מפתח במחנות ההשמדה – למן המיון הראשוני לחיים או למוות, דרך הסלקציות החוזרות ונשנות ועד לחתימתם על תעודות פטירה – מזויפות ברובן. אך למעורבותם של רופאים בנתיבי השואה היסטוריה ארוכה בהרבה.
יש הוכחות רבות למשיכה ההדדית בין חלק גדול של הרופאים הגרמנים והסטודנטים לרפואה ובין המפלגה הנאצית כבר בשנות העשרים. מיכאל קייטר הקנדי ריכז חומר רב בנושא. על פי מחקריו לא היה שום מקצוע אקדמי ששיעור החברים מקרבו במפלגה הנאצית התקרב לשיעורם בקרב הרופאים – 44%. כרבע מהם השתייכו אף ל-ס"ס. ניתן לנמק את התמיכה בנאצים בשיקולים אופורטוניסטים בחלקם, בעיקר הקנאה בהצלחתם של הרופאים היהודים – מרכיב מספרי חשוב בכלל הרופאים (כ-15%, וכפליים מכך בערים הגדולות כברלין) והרצון לרשת את מקומם. ככל שהחמיר המשבר הכלכלי בתחילת שנות
ה-30 גדל משקלו של שיקול זה אך אין בו די להסבר התופעה. מעבר למישור החומרי נמשכו הרופאים לחזון הביו-גזעי שפרסה התורה הנאצית והמקום הנכבד שייעדו לרופאים כ"שומרי הסף" של הכניסה לקהילת העם ה"ארית", המטוהרת מבחינה תורשתית וגזעית.
החזון הביו-גזעי נשען בבסיסו על ממצאים, חלקיים ומעוותים אמנם, של תורת הגזע ועל האויגניקה בנוסף לסילופו של הדרוויניזם בדמות הדרוויניזם החברתי. כל אלה ילידי המאה ה-19 ולא נוכל להרחיב כאן מעבר לציון העובדה כי היטלר הטמיע ב"מיין קאמפף" שלו את עיקרי הדברים בלא לדקדק במהימנות הציטוטים. מבחינתו ניתן לו בסיס פסוידו-מדעי לקביעות גזעניות ואנטישמיות מרחיקות לכת וליצירת המיתוס ה"ארי" כאשר היהודי מוצג כאנטיתזה למיתוס זה, השואף בכל כוחו לחלל את הדם הגרמני ולהשתלט על נכסי הרוח והחומר של אירופה והעולם ["הפרוטוקולים של זקני ציון" ודומיהם משתלבים גם כן במסכת זו].  
הרופאים כקבוצת אליטה שמרנית ביסודה נקראו לדגל כנוטרי הגרמניות הצרופה. ארגוניהם המקצועיים הקשו על עמיתיהם היהודים כבר במאה ה-19 להיכנס להתמחויות יוקרתיות ככירורגיה וקרדיולוגיה. גם מספר הפרופסורים בקרבם נותר זעיר עד להתמוטטות הקיסרות. ברפובליקת וויימאר הדמוקרטית נפרצו הסכרים והיהודים יכלו לתפוס, לכאורה, את מקומם הראוי. אך בה בעת החלה התעמולה הנאצית והאנטישמית להציגם כנושאים באחריות למפלה הגרמנית במלחמת העולם. אגדת "הסכין בגב" השלימה את הדימוי הקריקטוריסטי בנוסח "שטירמר" של הרופא היהודי האורב להזדמנות לחלל את תומתה של היפהפייה הארית שנקלעה לקליניקה שלו[יופיע במצגת]. הקשיים הכלכליים של תקופת האינפלציה והמשבר הגדול למן שלהי 1929 דרבנו סטז'רים ורופאים צעירים לעלות על עגלתם של הנאצים.  

 

כבר לפני כן זכו הנאצים לרוב בארגון הסטודנטים לרפואה. המשבר הכלכלי אף העניק צידוק וחיזוק לטיעונים הנאצים בדבר הצורך לעקר נשאי מחלות תורשתיות כדי למנוע מצאצאיהם להפוך לנטל על קופת הציבור המדולדלת. חוק העיקורים מיולי 1933 היה אחד ממעשי התחיקה הראשונים של הנאצים וזכה לתמיכתם של רבים מבכירי הרופאים. חוק ההאחדה של לשכות הבריאות המחוזיות שנה לאחר מכן הציב רופאים צעירים נאצים בעמדות השפעה בעיר ובכפר. רבים מהם תפסו את משרותיהם של הרופאים היהודים שנרדפו ופוטרו, תוך שיתוף פעולה מלא מצדם של ארגוני הרופאים. אחד מתפקידיהם המרכזיים של רופאי הרשות היה להמליץ על מועמדים לעיקור בקרב אוכלוסיית המחוז שעליו היו מופקדים. תוך חמש שנים עוקרו בכפיה מאות אלפי גרמנים בפעולה חסרת תקדים בעולם המערבי, שנועדה לשפר את הפרופיל הגנטי של בני הגזע הארי. בחדרי חדרים כבר הגו אחדים מראשי ארגוני הרופאים הנאצים (גרהרד ואגנר וארתור גיט) באפשרות לשים קץ לחייהם של מי שהוגדרו על ידם ועל ידי הפיהרר כפרזיטים [או "א-סוציאליים"] ובעלי "קיום של מעמסה". המינוח הזכיר את המושגים שנקטו בהם בתעמולה כנגד היהודים. ב-1935 קבע היטלר כי פעולה בוטה כזו תתאפשר רק בעת חירום, אך "המורד החלקלק" של שימוש לרעה בחוק העיקורים כבר נחצה שנתיים לאחר מכן.
ב-1937 עוקרו בחשאיות גמורה מאות נערים ונערות, בני תערובת של נשים גרמניות וחיילים כושים שנמנו על חיל הכיבוש הצרפתי בחבל הריין ב-1923. בכך הופר העיקרון של אינדיקציה רפואית בלבד להצדקת עיקורים והוכנס קריטריון גזעני למערכת השיקולים המעשיים, בלא שימחה על כך רופא כלשהו. בתחילת 1939 נתן היטלר את אישורו באמצעות הרופא האישי שלו – קרל בראנדט - לשים קץ לחייו של בן לקצין ס"ס שנולד עיוור ובעל איברים מעוותים. כאשר הסתבר סופית כי מלחמת העולם השנייה בפתח ניתן האות לפעולת רצח רפואי בקנה מידה מלא – מבצע "T4" שבמסגרתו הומתו בברוטאליות
כ-70,000 גרמנים "ארים", חולי נפש ברובם. מנגנון ביורוקראטי שהוקם בברלין, בראשותם של שנים מאנשי הלשכה הפרטית של היטלר, עבר על תיקיהם של מאות אלפי חוסים ופסק באמצעות מיון חפוז בידם של כמה עשרות רופאים נאצים – רובם אנשי ס"ס – מי יובא לחיסול בשישה מוסדות המתה שנקבעו בפיזור גיאוגרפי נאות ברחבי הרייך השלישי. הקרבנות הופשטו והובלו לחדרים אטומים שהוסוו כמקלחות והומתו בגז ((CO. למרות שהפעולה לא כוונה נגד יהודים דווקא שימשה בפועל בגדר ניסוי כלים לקראת השואה הקרבה. 
כאשר תם מבצע "המתת החסד" בגז בקיץ 1941, לנוכח התנגדות ניכרת של הכנסייה ודעת הקהל, החלו ההכנות בברלין לפתרון הסופי, והיה זה אך טבעי וצפוי שהמנגנון המנוסה של 4 T יטה שכם למטלה החדשה והגדולה לאין שיעור.
עוד קודם לכן תרמו רופאי הס"ס שסופחו לחיל הכיבוש הגרמני בפולין למדיקליזציה של השואה הקרבה. זאת בהמלצתם החד-משמעית של יוסט ולבאום, יוזף רופרכט ואחרים. טענתם הייתה כי היהודים הם נשאי נגיפים ומחלות (כגון טיפוס הבהרות) ויש, על כן, לבודד ולכלוא אותם בגטאות כהמשך לשיטת הקרנטינה המסורתית. לכך נוספו לא רק אלמנטים של ביזוי והשפלת היהודים אלא גם שיקולים מעשיים של היידריך ואחרים שייקל על הנאצים לאסוף את היהודים ממקומות הריכוז הגדולים שלהם בגטאות כאשר יוחלט, סופית, על חיסולם. נסיעה של שעה אחת ברכבת הפרידה, למשל, בין גטו ורשה לבין מחנה ההשמדה שהוקם בטרבלינקה.

בחודשי החורף של 1941/42 נפגשו בלבוב הכימאי הראשי של T4 ,  קילמאייר, ואחד ממתכנני הפתרון הסופי אודיליו גלובוצ'ניק ולימדו את סודות ההמתה בגז ויישומם במחנות ההשמדה שהוקמו באותה עת בפולין. זאת ועוד, רופאים בעלי וותק במוסדות ההמתה תפסו עמדות מפתח בכמה מהמחנות הללו. הידוע שבהם היה ד"ר אימפריד אברל שמונה למפקד הראשון של טרבלינקה אחרי שניהל קודם לכן את מוסדות הרצח הרפואי בברנדנבורג וברנברג. רופאי T4 פיקחו על הקמתם של מתקני הגז בחלמנו ועוד מחנות השמדה.
תהליך המדיקליזציה של השמדת העם הגיע עתה למיצויו. באושוויץ שכונתה ""ANUS MUNDI בפיהם של רופאי הס"ס, חדורי המוטיבציה, הורשו אנשים כשירים מבחינה פיסית לעבוד עבודת פרך כל עוד נחשבו לבריאים. משתש כוחם נחשפו לסלקציות של חיסול. כל עוד נשקפה תקווה לחייהם ניתן היה אפילו, לפחות מראשית 1943 ואילך, לטפל בהם זמן-מה ולנסות להחזיר אותם למעגל העבודה. באם כשל הטיפול או התמשך מעבר למותר נחרץ גורלם, שהרי בלאו הכי נחשבו לגידול סרטני שעל האומה הגרמנית, ושליחיה הרופאים, לעקור מקרבה.